據(jù)烏鎮(zhèn)近郊的譚家灣古文化遺址考證表明，大約在7000年前，烏鎮(zhèn)的先民就在這一帶繁衍生息了。那一時(shí)期，屬于新石器時(shí)代的馬家浜文化。春秋時(shí)期，烏鎮(zhèn)是吳越邊境，吳國(guó)在此駐兵以防備越國(guó)，史稱"烏戍"。
秦時(shí)，烏鎮(zhèn)屬會(huì)稽郡，以車溪（即今市河）為界，西為烏墩，屬烏程縣，東為青墩，屬由拳縣，烏鎮(zhèn)分而治之。其后，烏鎮(zhèn)或?qū)僬憬暮荨⒓闻d管轄，或?qū)俳K的蘇州治理。
唐時(shí)，烏鎮(zhèn)隸屬蘇州府。后梁，隸屬不變，為吳越國(guó)地。后晉天福五年（940），置秀州，青墩遂屬嘉興縣隸秀州。
宋淳化三年（992），烏鎮(zhèn)屬烏程隸湖州。熙寧十年（1077），析嘉興縣西境的梧桐、永新、清風(fēng)等5個(gè)鄉(xiāng)歸崇德縣，青鎮(zhèn)在清風(fēng)鄉(xiāng)，屬崇德隸秀州。元豐初年，有分烏墩鎮(zhèn)、青墩鎮(zhèn)的記載，后為避光宗諱，改稱烏鎮(zhèn)、青鎮(zhèn)。嘉定年間，升嘉興為軍，青鎮(zhèn)遂屬崇德隸嘉興軍。寶慶二年（1226），改湖州為安吉，烏鎮(zhèn)為安吉州烏程縣地。宋代，鎮(zhèn)地設(shè)監(jiān)鎮(zhèn)官，管火禁和酒稅，并招軍習(xí)武，以御盜寇。
元至元十四年（1277），烏鎮(zhèn)為湖州路烏程縣地，青鎮(zhèn)為嘉興路崇德縣地。鎮(zhèn)地設(shè)都巡檢。
明宣德五年（1430），析崇德縣的募化、千金、保寧、清風(fēng)、永興和梧桐六鄉(xiāng)置桐鄉(xiāng)縣，青鎮(zhèn)屬之，隸嘉興府；烏鎮(zhèn)仍屬烏程隸湖州府。這一隸屬關(guān)系至清未變。
由于烏鎮(zhèn)是兩省、三府、七縣交接處，治安環(huán)境十分復(fù)雜，所以，明清時(shí)在烏鎮(zhèn)特別設(shè)立浙直分署和江浙分署，以一小鎮(zhèn)而行使相當(dāng)于府衙的職能。
民國(guó)元年（1912），烏、青兩鎮(zhèn)依舊分治。1950年5月，烏、青兩鎮(zhèn)終于合并，稱烏鎮(zhèn)，屬桐鄉(xiāng)縣，隸嘉興，直到今天。